Целью исследования являлось определение степени упорядоченности липидного матрикса микродоменов хлоропластов листьев двух сортов (засухоустойчивый сорт – Бурятская остистая, чувствительный к влаге сорт – Диамант 2) пшеницы в контрольных условиях и условиях длительного дефицита воды (10 дней). Упорядоченность липидов оценивали по значениям генерализованной поляризации, которые получали при помощи липофильного зонда – лаурдана. Стресс оценивали по уровню активных форм кислорода. Отмечено, что у обоих сортов в контроле происходило увеличение значений генерализованной поляризации в рафтах первой зоны (Р1), тогда как в рафтах второй зоны (Р2) у устойчивого сорта эта величина не изменялась, а у неустойчивого к дефициту влаги сорта снижалась на 4-й и 10-й день по сравнению с 1-м днем. В условиях засухи значения генерализованной поляризации в Р1 у устойчивого сорта снижались на 4-й и 10-й день. Снижение генерализованной поляризации отмечено и в Р2 – особенно заметно оно также на 4-й день. Увеличение значений генерализованной поляризации происходило в микродоменах обеих зон сорта Диамант 2 за исключением 7-го дня, когда было отмечено снижение микровязкости. Таким образом, изменения микровязкости, выявленные в липидах исследуемых микродоменов как в контроле, так и в условиях стресса, позволяют предположить, что микродомены мембран хлоропластов листьев пшеницы могут не только быть задействованы в ответных реакциях клетки на стрессовое воздействие, но и, возможно, принимать участие в других физиолого-биохимических процессах.